产业基地管委会下设产业投资发展局、外经贸局、规划建设局、财政局、环保局、企业服务局、招商局、国有资产监管局、土地分局、综合办公室、党群工作部、公安分局、工商分局、消防分局和安检分局等机构，享有市级经济管理权限，同时成立了产业基地规划分院和项目服务中心，实现产业基地入区项目的审批到规划建设审批、施工放线、工商注册、税务登记等的一站式办公、一条龙服务。

 产业投资发展局：负责拟定发展规划、按权限核准备案项目、企业贷款贴息、相关经济指标统计、企业服务等工作

外经贸局：负责制定对外贸易计划、审批外商投资企业、管理外商投资企业的有关涉外事项等工作

规划建设局：负责城市区规划开发利用、市政设施综合管理、建筑活动实施全过程监督和管理等工作

财政局：负责编制财政计划、执行预算方案、实施财务监管、管理各项财政收入等工作

环保局：拟定环境保护规划、对经济开发计划进行环境影响评价、对环境保护工作实施统一监督管理等工作

企业服务局：负责为五矿、富士康等入区的特大型企业进行自入区起到投产后的全程跟踪服务工作

招商局：负责宣传投资环境和优惠政策、搜集合适的项目信息、招商引资活动的策划、组织、协调、服务等工作

国有资产监管局：负责对所监管国有资产的保值增值进行监管、建立和完善国有资产保值增值制度体系等工作

土地分局：负责地政地籍管理、土地使用权证办理、土地的统计、调查及申报等工作

综合办公室：负责工作目标的制订、文电处理、领导活动安排和接待、突发事件处理、档案管理等工作

党群工作部：负责组织实施党委、工会和团委的宣传、教育、培训等各项工作任务

公安分局：负责组织实施公安保卫和治安管理、制止和侦查违法犯罪活动、维护交通安全和秩序等工作

工商分局：负责组织管理工商企业、外商投资企业和从事经营活动的单位或个人的注册登记等工作

消防分局：负责工程设计的防火审核和工程竣工后的消防验收、火灾扑救等工作

安监分局：负责工程项目安全设施的监督检查、指导安全生产检测检验等工作

规划分院：承办工程咨询、设计等工作